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Studi Di Interazione Genica

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Bentornati al corso di Plant Developmental Biology. Stiamo ancora discutendo di approcci genetici theMolecular per lo studio Plant Development. Quindi, se ricordo in anteprima, stavamo discutendo di approcci basati sulla genetica inversa per studiare un particolare processo evolutivo in plant.E, abbiamo coperto come identificare un gene particolare, come scegliere un gene particolare per studyla funzione, poi come analizzare il suo differenziale oltre che temporale e spaziale espressionpattern in una particolare fase dello sviluppo o in un particolare organo e tessuto, questo abbiamo preso questo gene per lo studio funzionale che due approcci principalmente ne abbiamo avuti è il guadagno dell'approccio alla funzione e la perdita di funzione approach.Now, quindi abbiamo un gene, abbiamo la sua funzione, sappiamo che tipo di fenotipo questo gene hasquando facciamo, quando abbassiamo regoliamo questo gene o quando silenzio questo gene. E, secondino abbiamo un fenotipo o sappiamo cosa succede se ectopicamente sull'espresso thisgene. Ora, la parte successiva quello che rimane in questo è che, se hai un gene whatis il prossimo e prossimo sarà lo studio di interazione genica o il meccanismo, qual è l'ofazione della modalità, come un gene particolare sta regolando un determinato processo questo è important.Quindi, un'altra cosa che un particolare processo di sviluppo non è di solito regolato da un singlegene. Così, potreste finire per identificare più geni che potrebbero avere fenotipo simile fenotipo, poi come studiare, che tipo di interazione, che tipo di interazione tutti quei geni hanno per un particolare processo di sviluppo. La prima cosa è che supponiamo che se avete due geni e se avete mutantloss di funzione mutante sia dei geni che se si trova stesso fenotipo, se si scopre che in entrambi i mutanti il fenotipo è lo stesso allora c'è una domanda che è la prima cosa che sono i due mutanti nello stesso gene o nel gene diverso. Come governare outthis possibilità? Questo si può fare geneticamente e si può studiare l'interazione genetica possibile se ne faccio un esempio. Quindi, se un mutante che è m1 e anothermutant che è m2 entrambi hanno lo stesso fenotipo entrambi sono perdita recessiva della funzione mutantsabbia di funzione, supponiamo che il fenotipo sia alla radice breve, se posso fare una croce e se entrambe le mutazioni sono nello stesso locus, cosa succederà? Sai che i geni esistono e lì aretwo loci e se questi mutanti sono nello stesso gene allora puoi aspettarti che da qualche parte qui la mutazione. Qui il sito di mutazione potrebbe essere diverso, ma nello stesso gene, ma se si fa una croce e si va alla generazione F1, cosa si ha? Si avrà un allele da un mutante e un altro allele da anotermutanti, ma in entrambi i casi, ma in questa pianta eterozigosa F1 entrambi gli alleli aredirompono. Quindi, avrete intenzione di avere piante F1 con mutantfenotipo. Se questo è il caso, allora si può dire che questi entrambi mutanti indipendenti sul luogo di mutazione sono nello stesso gene probabilmente nello stesso gene. D'altra parte, se inquesta mutazione mutante ci fa assumere nel gene A e c'è un altro gene B che ha un ruolo di alsogioco nello stesso processo di sviluppo. E in secondo mutante se mutazioni in geneB, ma entrambi sono omozigoti quando li attraversi e vai alla generazione F1 goda di un gene A dirompente da qui, ma avrai allele di A come una normale da anotherplant. Qui avrete il gene B allele normale fromthis plant, ma qui si avrà la B interrotta, ma in questo in entrambi in thisheterozygotes cosa accadrà che la copia di tipo selvaggio sia le copie di tipo selvatico del thegene completeranno il fenotipo mutante che significa che in F1 non si otterranno alcun fenotipo. Quindi, questo tipo di analisi genetica che si esegue allora si può dire che sia i mutanti siano nello stesso gene o nel gene diverso, poi un altro tipo di analisi. Quindi, in sostanza qui quello che stiamo provando a discusostare è che quali sono i diversi tipi di interazioni. La prima interazione wecan di interazione è l'interazione genetica se geneticamente due mutanti o due geni interagiscono, cosa significa? Significa che se ci sono due mutanti o due geni che regolano lo stesso percorso di sviluppo, prendiamo esempio se entrambi stanno regolando la lunghezza della radice allora loro, stanno lavorando nello stesso percorso? Stanno lavorando nei diversi percorsi? thiswe si può risolvere avendo un'analisi genetica effettuando analisi genetiche, howyou ca? Si può fare una sorta di mutanti combinatori, si possono combinare sia il mutante che il fenotipo vedremo l'esempio. Un'altra cosa che è possibile identificare i potenziatori soppressori dei mutanti. Quindi, prendete un mutante e poi di nuovo mutagenizzate e provate a trovare un altro doppio mutante in cui o il precedente fenotipo mutante è potenziato o soppresso e poi si stabilisce la loro interazione attraverso l'analizzatore genetico. Così, questi tipi di interazioni si chiamano interazioni genetiche. Poi la seconda cosa è che se sono l'interagire genetico o possono interagire, potrebbe non interagire la prossima domanda, stanno fisicamente anche interagendo?Quindi, ci sono molti fattori di trascrizione, molti regolatori di sviluppo sono consapevolmente ad interagire direttamente l'interazione proteica - proteina e possono rendere il complesso di ordine superiore e quel complesso sta effettivamente regolando il processo. Così, come studiare l'interazione proteica - proteina, sarebbe un'altra cosa e stabilire, se si ha più di un regolatore. La cosa è questa è in particolare le interazioni di DNA proteico o l'interazione RNA questa dependslet ci supponiamo che se il tuo regolatore di sviluppo è un fattore di trascrizione, il che significa che andrà e si legerà ad un qualche elemento di DNA per attivare l'espressione genica o per la sua funzion.Quindi, per stabilirlo ci potrebbero essere due tipi di geni, uno dei quali il tuo transcriptionfactor è direttamente regolabile, sta andando fisicamente vincolante per gli elementi promoter o thecis - normativi del tuo gene e attivando o reprimendo l'espressione a seconda della natura o che ne regoli indirettamente. In caso indiretto la tua trascrizione factorX sta regolando il gene A e poi gene A sta regolando il gene B. Quindi, se prendi X rispetto a X, B è regolato anche da X, ma X non è direttamente regolabile B, si sta indirettamente regolando B. E, allora si può basare su questo tipo di interazione fisica normativa genetica, si può costruire e si può capire cosa è la fondazione di rete di questo tipo. Puoi anche prendere aiuto per l'analisi della co espressione. Quindi, se si controlla un particolare tessuto o particolare stadio di sviluppo e si identificano quali sono i geni che si esprimono, si può in sostanza prevedere che ci potrebbe essere interagire tra di loro, se entrambi sono presenti nella stessa cella o nello stesso tissues.Dunque, ne prenderemo uno per uno. Quindi, prima inizia con l'interazione genetica così interazionaria genetica. Così, come ho detto, che si può fare identificando o modificatori che potrebbero essere dei potenziatori. Una possibilità è che se si ha una mutazione ci si fa assumere un mutante in cui la mutazione è in questo particolare gene, ma se si prende e si cerca di identificare un soppressormutante, se si mutagenesi di nuovo c'è nuovamente la possibilità che un altro mutante che avvenga nello stesso gene sia nello stesso sito o nel sito diverso e i secondmutanti possano ripristinare la funzione di questo particolare gene tale tipo di mutanti sono soppressori calledinastici. In un'altra possibilità è che si è divertenti, si ha un fenotipo ora secondo mutazione che si identifica in un gene totalmente indipendente o differentato e se questa mutazione sta sopprimendo il fenotipo di questi mutanti poi si chiama extragenica.Così si può identificare la mutazione extragenica, è possibile stabilire la loro interazione genetica, si può stabilire la loro interazione fisica, si può stabilire la loro interazione fisica e cercare di capire come cosa sia la modalità d'azione. Quando stiamo analizzando se stanno lavorando nello stesso percorso o nel diverso percorso, se stanno lavorando nel diverso percorso allora vuol dire che allora sia lì aremora che un percorso parallelo che va avanti e sia i percorsi paralleli che stanno regolando lo stesso processo biologico, ma se stanno lavorando nello stesso percorso poi si haveto stabilire quale gene è a monte quale gene è a valle è A regolamentare B o Bregolamentare A. Quindi, quale gene è a monte e quale geneis a valle e come si può stabilire questo? Ancora attraverso l'interazione genetica e il modo comune di fare in modo che si faccia un mutante diverso, mutanti d'ordine superiori, mutanti combinatori, doppio mutante, triplo mutante e poi analizzando. Ridondanza genetica adotteremo separatamente come studiare this.Quindi, prenderò parte dell'esempio questo è un caso ben studiato di una floreale o di floraltransionidi. Così, in sostanza ciò che accade nella pianta ad un certo punto temporale, plantare il processo di crescita vegetativa poi si decide di passare alla transizione, ma la transizione dalla fase vegetativa alla fase riproduttiva è un processo molto importante nell'impianto per garantire una corretta riproduzione sessuale o riproduzioni sessuali di successo. Quindi, è regolato da più regolatori multipli, percorsi multipli e, ma i teatri di alcuni di loro stanno lavorando in modo indipendente e poi ci sono delle modalità interdipendenti, sono presenti una quantità enorme di crosstalk. Ma come questo crosstalk sia stato stabilito ad esempio, se si guarda qui ci sono quattro percorsi fotoperiodo, autonomi, verniciati andgibberellici e tutti questi percorsi, questo è un quadro molto semplice, ma lì i tispa.it sono piuttosto complessi e tutti alla fine regolano il passaggio floriditorio di transizione; quindi, io prenderò pochi esempio e se si guarda il fotoperiodo, il fotoperiodo significa che la quantità di luce una pianta si sta fondendo su di poter definire l'intero impianto in tre categorie sia di pianta del giorno, pianta di un giorno, o di pianta neutra di giorno. Quindi, nelle condizioni di lunga giornata, cosa succede?Un gene che si sta attivando è CONSTANST e poi CONSTANST attiva due percorsi, uno è FT e SOC1 e FT e SOC1, stanno avendo il loro percorso indipendente o parallelo per regolamentare la transizione floreale, come stabilire questo? Se si guarda questo fenotipo mutante, qui il numero totale di foglie viene contato quando c'è una transizione si verifica se si ha foglie che poi si ritarda la fioritura se si ha meno foglie poi è precoce flowering.Quindi, se si guarda un tipico impianto di tipo selvaggio. Quindi, le piante di tipo selvaggio hanno di solito la foglia approximately15 prima di fare 15 foglie di rosette prima di transitare dalla fase vegetativa alla fase riproduttiva, ma se si osservano questi mutanti di ft, stanno facendo quasi 40 leve prima della transizione che significa che c'è un enorme ritardo nella fioritura, ma se si è oltre espresso CONSTANST se si aumenta la quantità di CONSTANST, si può vedere che c'è una fioritura precoce. Quindi, anche meno di 10 foglie sono fatte e la pianta ha già subito il processo di fioritura, ma un'altra cosa interessante come si è visto. Così, questo racconta che FT è attivatore di entrambi sono attivatori della fioritura, butta cosa succede se si prende CONSTANST sull'espressione in ft-10, ft mutant background il CONSTANSTimpossibile non può indurre la fioritura che significa che CONSTANST è importante, CONSTANST è importantina attivante la fioritura, ma sta lavorando tramite FT.Quindi, se non si dispone di FT, CONSTANST non è in grado di attivare la fioritura. Quindi, meansone che ci sia un'interazione, CONSTANST è a monte di FT e FT sta regolando la velocità di trasmissione FT. Simili cose se guardi qui un'altra interazione genetica che puoi stabilire dalla tua fonte. Di nuovo questo è tipo selvaggio se hai un tipo selvaggio, hai circa 15 foglia al momento della fioritura, ma i mutanti di ft che hanno ritardato la fioritura. Un altro gene che si chiama SOC1, SOC1 è anche ritardatario ritardato, ma se si combina FT e SOC1, il fenotipo l'impianto sta ulteriormente mostrando ulteriore fioritura ritardata che mescola che questo tipo di fenotipo si chiama fenotipo additivo. Quindi, entrambi i mutanti sono fenotipo da vetrina. Questo racconta che stanno lavorando in due pathways.Così, FT sta lavorando attraverso questo percorso, SOC1 sta lavorando attraverso questo percorso. Se onlicamente FT, c'è un effetto. Se mutate solo SOC1, vi è un effetto. Ma se youmutate sia il percorso parallelo che l'effetto è potenziato. Similare una sorta di analisi genetica è stato fatto qui per dimostrare che AGAMOUS - LIKE 17, anothergene che sta anche lavorando attraverso un percorso diverso, ma questo è anche a valle di CONSTANST.Come si può vedere nel costante background mutante, l'espressione sia di FT che di AGL17 è diminuita. Quindi, CONSTANST sta attivando AGL17 e AGL17 si attivano anche finalmente, AP1 e LFY. Quindi, il punto finale della regolamentazione è quiteconservato, ma i percorsi a monte sono diversi abbastanza differenzi.Così, questo tipo di analisi genetica vi permetterà in sostanza di posizionare tutti questi mutanti o di allquesti geni in un determinato percorso e di generare una sorta di percorsi genetici. Altra cosa importante è la ridondanza genetica, la ridondanza genetica avviene che a volte se c'è una famiglia di geni, ci sono più di un membro in una famiglia particolare, le whathappens che tutti o alcuni di loro stanno facendo la stessa funzione, che significa thatif che hai mutante di un gene, potresti non vedere un effetto significativo, ma se ti mutare di un solo gene si inizia a vedere l'effetto che si chiama ridondanza genetica.Quindi, per esempio, se si guarda questo è pianta di tipo selvaggio e questa è la pletora. Dominio PLETHORAire AP2 contenente fattore di trascrizione, classe molto importante di trascriptionfactor che regola la funzione meristem, la manutenzione delle cellule staminali oltre che la fioritura, ma qui sto mostrando l'effetto nel meristema apicale della radice. Se mutate plethora1, questi sono due diversi mutanti di plethora1; non si vede un significativo difetto nella crescita della radice. Allo stesso modo, quando si muta plethora2 da solo, non si seea differenza significativa è abbastanza simile al tipo selvaggio, ma quando si fa una doppietta quando si mutano sia plethora1 che plethora2, si può vedere che il growame di radici molto fortemente inibito. Sono molto brevi le radici, che mescola che sia plethora1 che plethora2, stanno lavorando in un maniero geneticamente ridondante per regolamentare la crescita della radice e mutanti single di loro, non hanno un effetto significativo. Similmente tipo di cose che potete guardare qui, qui l'effetto è sulla radice laterale. Quindi, lo sviluppo principale delle radici è normale e questi sono quelli di ARF, ARF's sono Auxin Response Factorhe sono anche una classe di fattore di trascrizione, ma lavorano nel segnalamento auxin mediated signallingpathway. Così, ad esempio, mi concentrerò su due di fattore di risposta auxina questo è auxarf19 questo è arf7 e questo è di tipo selvaggio. Quindi, se si confronta con il tipo selvaggio, arf19and arf7 da solo non hanno molto effetto sullo sviluppo della radice laterale. Così, si può vedere che le radici primarie sono sviluppate e queste radici primarie hanno notevoli radici laterali, ma quando si combinano entrambi, quando si fa un doppio mutante dove arf7 aswell come arf19 entrambi sono dirompenti, si può vedere che la radice primaria è molto ben coltivata a tipo selvaggio, ma questo non ha radici laterali. Quindi, questo alsosuggerisce che AUXIN RESPONSE FACTOR 7 e 19, sono geneticamente ridondanti nella formazione di root regolatinglaterali in Arabidopsis. Quindi, questo tipo di analisi genetica permetterà di stabilire un rapporto genetico tra o tra vari regolatori di un percorso di particolare sviluppo.La cosa successiva è che, se sono geneticamente interagendo quale sarebbe la prossima domanda, interagiscono fisicamente anche loro? Se è così, come studiarli? Ci sono manyway per studiare l'interazione proteica - proteina, alcune di esse sono evidenziate qui, questo islievito due ibrido, questa è la spettroscopia di massa a base di affinità e questa è la complementarietà bimolecularfluorescenza. Questi sono pochi molto comunemente utilizzati. Quindi, nel lievito due ibridi, cosa stiamo facendo? Prendi un gene e te praticamente. Quindi, sia i geni che qui qui whatis importanti che bisogna avere sia il gene clonato in un altro vettore vettoriale, debbano essere fusi con l'esca e uno con la preda.E se entrambi i geni sono fondamentalmente interagendo, interagiranno e poi l'esca e pregiate si uniranno e daranno qualche tipo di segnale. Nella spettroscopia di massa purificazione di affinità, qui fondamentalmente in base alla colonna di affinità o si può avere un tipo di tiratura giù e poi si tirano giù alcune proteine e insieme a quelle proteine ci saranno belotti di proteine che arrivano e poi si identificano attraverso la spettroscopia di massa che stabiliscono la teiridentità per sapere che quali geni stanno interagendo. Allo stesso modo, questo è in principino simile al lievito due ibrido, ma qui la modalità di rilevamento è la fluorescentbase. Quindi, se avete una proteina fluorescente che ha due domini, ma se questi due domini sono insieme allora e solo allora daranno la fluorescenza. Quindi, li si clonano in uso separatamente una proteina qui, un'anoproteina qui, che volete vedere se interagiscono o no se questi proteinti interagiscono poi porteranno entrambi i domini insieme quando un e b domaini si uniranno a una sorta di segnale di fluorescenza poi si può praticamente mostrare a ruote che interagiscono o not.Così, ecco qualche caso di pochi esempi di questa interazione proteica. Ad esempio, se si guarda AP1 e SEPALLATA3, AP3, PI studiate nella classe successiva sono geni molto importanti che regolano lo sviluppo di organo floreale in Arabidopsis andSEU S E U, questo è un altro gene importante e qui quello che hanno cercato di verificare che SEU interagga o meno con questi geni ABC. E, questo è stato fatto dal telievito due ibridi e quello che si può vedere questo segnale di colore racconterà che c'è un'interazione, se non c'è colore poi non c'è interazione. Quindi, se si guarda questo assaggio, si può clearlyfind che SEU interagisce solo con AP1 e SEPALLATA3, ma non interagisce con AP3, non è direttamente o fisicamente interagendo con PI. Poi se si dispone di identifiedok AP1 e SEP3 si interagiscono con C1, si può anche stabilire attraverso il lievito due ibridche quello che è il dominio dell'interazione. Quindi, questo AP1 e SEP3 entrambi sono dominio MADS contenete il fattore di trascrizione, hanno un solo dominio che si chiama dominio MIK e un altro dominio del terminale domainis C. Quindi, qui specificamente hanno assunto domini onlyMIK sia dei fattori che dei domini C terminali sia del fattore che hanno fatto il checkedthe interazione, si può chiaramente vedere che solo il dominio C del terminale sono l'interazione con la showinginterazione. Ma, il dominio MIK non sta mostrando interazione, il che significa che si può tellare che AP1 e SEPALLATA 3 interagiscono con SEU attraverso il loro dominio di terminale C ok. Un altro assaggio questo è fatto per un altro due importantissimi fattori di trascrizione durano lo sviluppo di radici nel riso. ERF3 è un dominio AP2 contenente trascriptionfactor, WOX11 è un dominio homeobox contenente il fattore di trascrizione ed entrambi sono molto molto importanti per lo sviluppo di root accidentale. E qui attraverso la tiratura di quello che hanno avuto. Quindi, hanno praticamente fuso ERF3 con tag GST e WOX11 con il Suo tag e si canta usando antibody anti GST o anti Il Suo anticorpo e se si sta usando anti GSTfor si tirano giù e poi si può fare il blotting immunitario usando anti Il Suo anticorpo.Quindi, se ERF3 e WOX11 interagiscono poi se si tira giù ERF3 WOX11 è possibile detectWOX11. Se si tira giù WOX11 è possibile rilevare ERF3 e questo è in vitro modo di fare il rilevamento e qui si può vedere che, o si usa anti GST o anti Sua in entrambi i caseschi è possibile rilevare la banda. Un altro modo di fare interazione proteina - proteina è Co-IP, co immuneprecipitazione che si può fare in vivo. Quindi, si può praticamente fare un piantone transgenico in cui si ha già una proteina marchiata. Così, ad esempio, questo è il tag FLAG. Quindi, è possibile etichettare la vostra proteina con qualsiasi tag e poi utilizzare l'anticorpo contro il cartellino e si può fare la tiratura verso il basso dall'estratto totale dell'impianto e poi rilevare o fare immuneblotting con l'altro gene che si desidera mostrare l'interazione. Questo è dallo stesso studio e questo è il vostro metodo BiFC e qui potete vedere quando questi entrambi i protesi che interagiscono avrete segnale giallo se non interverranno ci sarà il segnale giallo. Questo è esempio di tiratura seguito da spettroscopia di massa, non andrò nei dettagli, ma perché voglio raccontare qui che si può fare a livello globale. Così, è possibile etichettare una proteina, è possibile utilizzare quel tag in antibody contro il tag, si può fare la tiratura e poi è possibile identificare tutta la proteina attraverso spettroscopia di massa a livello globale per identificare tutte le proteine che interagiscono con una particolare proteina. Poi il secondo studio che è importante è l'interazione DNA - proteina come si sa che la maggior parte dei masterregolatori degli sviluppi sono il fattore di trascrizione. Quindi, è molto importante identificare quali sono il loro dominio vincolante, quali sono gli elementi di DNA in cui si legano e come si regolano, quali sono i loro obiettivi diretti, quali sono i loro obiettivi indiretti. Così, come todo ci sono di nuovo abbondanti tecniche disponibili, ma pochi di loro ne sto discutendo qui di seguito. Quindi, ci sono alcuni modi in vitro di fare, questa è la stampa a piedi, l'assaggio di mobilità elettroforetica e poi lievito un ibrido in lievito, nel lievito un ibrido è possibile utilizzare il DNA e identificare quali sono le proteine che sono identificate a quell' elemento di DNA. Thesetwo è il più tipo di assaggio fisico per studiare l'interazione FRET e SPR e il thenChIP assay chromatin immunoprecipitation che si sta diffondendo molto diffusamente per studiare l'interaction-protein - protein interaction.Quindi, questo è un esempio di assaggio di mobilità elettroforetica, si chiama alsothis di gel a turni. Quindi, in questo caso quello che puoi fare, puoi prendere un elemento di siteDNA di legame putativo che puoi fare una piccola sonda e poi questa sonda può essere etichettata con radioattivenucleotide e poi mischiarti con la tua proteina e cosa succede che se la tua proteina si battizza con questi elementi e se esegui il gel e rilevi il legame usando qualsiasi mutante puoi vedere un turno. Quindi, ora questa è la tua sonda gratuita se la tua freeprobe è legata alla proteina allora individuerai una proteina o alla dimensione molecolare più alta, allora puoi dire che la tua proteina è sostanzialmente vincolante per l'elemento cis. Conferitelo, è possibile mutare il sito di collegamento putativo del sito di collegamento e mostrare che quando si sta mutando questo legame è totalmente sfigurato come si può vedere qui non c'è alcun legame, bulì c'è il legame. Poi ChIP assaggia come dico questo è molto importante. Quindi, precipitazione immunitaria cromatina questo youcan do a livello di gene, si può fare a livello globale come si desidera. Qui quello che vuoi praticamente hai un sito di collegamento putativo. Quindi, quello che fai, permetti al tuo proteto di legarsi alla cromatina se hai un fattore di trascrizione che andrà e legare al suo target thenyou fix ti puoi incrociare. Quindi, la tua proteina sarà permanentemente o covalentlicamente legata al DNA e poi si estrae la cromatina totale, fai un piccolo frammento e usa antibodyagainst o la tua proteina direttamente o se hai qualche tag associata al tuo proteinand tirando giù quelle cromatine o quelle frammenti di cromatine che sono legate alla tua proteina e poi tratti con proteinasi. Quindi, eliminerai la tua proteina ora hai solo frammento di DNA. Quindi, o prendi quel frammento di DNA andif che sai qual è il sito di legame putativo che puoi progettare un primer specifico e tu canamplifichi attraverso PCR, qRT PCR o qPCR o se non conosci la sequenza fai clic su thoseframmenti clone in alcuni vettori li sequenza e identifichi quali sono i siti di collegamento. Ecco, questi sono alcuni esempi per esempio, se si guarda questi sono il sitesino di legame putativo AGL24 che è il fattore di trascrizione del dominio MADS e questo è etichettato con il tag HA tag6HA. Quindi, se quello che puoi fare, puoi basicallare l'immunoprecipitazione cromatica usando l'anticorpo contro l'HA troverai il frammento e vuoi vedere se AGL24 è vincolante per SOC1 promoter o non questi sono i siti di collegamento putativi per il AGL24 nel promoter SOC1. E, poi si controlla byRT PCR o da PCR semplice DNA genomico PCR per la regione diversa e ciò che si può verificare, questa regione sta mostrando un arricchimento massimo che significa che questa regione sta diventando enrichedquando si sta facendo l'immunoprecipitazione cromatica per 24 minuti il che significa che il legame è molto alto questa regione qui questo è basso qui questo è basso. Ma se si guarda questa regione il legame è molto basso. Analogo tipo di studio ha beato qui, dove sono stati studiati obiettivi o obiettivi diretti di MADS1 un altro fattore di trascrizione in ricesia. E qui potete vedere, questa analisi è stata fatta per dimostrare che MADS1is direttamente associata alla cromatina di tutti questi bersagli diretti questo è il wayto studiare l'interazione proteina - proteina o l'interazione DNA - proteina e questo è molto importante per capire qual è il meccanismo di un fattore di trascrizione. Poi si muoverà di più per capire le interazioni normative tra i regolatore.it i percorsi che vengono regolati dai regolatori di sviluppo. Un modo di fare è che la meta - analisi è possibile fare l'analisi di co - espressione e ci sono tutti questi dati che sono già pubblicati o presentati al database tutti questi database possono essere richiamati e molte analisi di espressione e, in realtà ci sono molti database in cui è possibile inserire semplicemente id del tuo gene, puoi trovare quali sono i geni che areco - espresso con quel gene. Se sono co - espressi con quel gene, ci si può aspettare che ci saranno delle interazioni che possono essere presenti alcune interazioni tra di loro e questo tipo di studio è stato utilizzato per identificare. Ad esempio, se si cerca qui un approccio di rete di co espressione globale per connettere i geni a metabolicità specializzati in via metabolica. Quindi, se si combinano i dati se si guarda l'espressione theco allora si può sostanzialmente identificare quei geni che potrebbero essere responsabili o che potrebbero funzionare in un percorso di sviluppo simile o simile o simile metabolicismo.Poi un'altra cosa molto importante in particolare con il fattore di trascrizione è, se si va a cimentarsi che quello che è il meccanismo come un particolare fattore di trascrizione è regolatinga in particolare, bisogna identificare quali sono i geni regolati da questo fattore di trascrizione. E questo si può fare di nuovo come un gene levelor che si può fare a livello globale. Per l'identificazione di questo tipo di geni, si può utilizzare il sequenziamento RNA di microarray a livello globale, se si quantifica l'espressione totale dell'espressione globale dei geni nel tipo selvaggio e mutante di un particolare trascrizionefactor, è possibile identificare quali sono i geni le cui etichette di espressione sono alterate nei themutori e poi si può stabilire che si stanno praticamente regolando. E poi questo tipo di studio è stato preso molto recentemente per identificare i geni globali regolati dai geni PLETHORA. Così, come ho detto ci sono molteplici PLETHORA 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 e poi quello che è stato fatto. Così, i geni PLETHORA sono stati fusi con il glucocorticoidrecettore. Se si ricorda una delle lezioni precedenti lì ho discusso di cosa è la glucocorticoidrecettore, in questo modo è possibile controllare l'attività del proprio fattore di trascrizione regolando la sua traslocazione dal citoplasmico al nucleo e poi quando si inducono e dopo l'induzione, si può eseguire microarray e identificare quali sono i geni che stanno ottenendo orcosa indotte. Così, facendo questo hanno sostanzialmente identitario i geni che sono condivisi da due PLETHORA tre PLETHORA quattro PLETHORA cinque PLETHORAe tutti e sei PLETHORA e hanno anche individuato quali sono i geni che sono specificatamente o univocamente regolati da uno dei PLETHORA sia attivati che repressi. Ma, attraverso questa analisi attraverso questa analisi globale per tutti questi c'è stata una utilissima attenzione qui che i tutti i geni attivati se si guarda qui si esprimono nei geni meristematici. Quindi, il che significa che nei domini meristematici o nei domini meristem, i geni sono in prevalenza attivati mentre, i repressedgeni sono perlopiù espressi nel dominio di allungamento. Così, facendo questo tipo di analisi di rete genetica espressionista è possibile prevedere la regolazione genetica. Qui è stato fatto un certo tipo di cose, dove l'architettura di networkscontrollando lo sviluppo dei fiori in Arabidopsis thaliana. Così, come ho detto che, la floweringinizia dalla transizione dalla fase vegetativa alla fase riproduttiva e poi si è verificata una transizione oncequesta, la primordia floreale sotto sono il meristema floreale subisce il diverso stadio di sviluppo e obiettivi di diverso stadio di sviluppo o trascrizionefattori in diversi stadi di sviluppo sono stati già individuati in diversi studies.E, poi se si può fare l'analisi co - espressione, in sostanza si può stabilire un rapporto normativo tra i regolatori e si possono identificare i geni che sono comunemente regolati o i geni che sono specificamente regolati da un particolare regolators.Così, questo sarà probabilmente ultimo dello scivolo di oggi. Ecco allora quello che sto cercando di dire a voi che se volete identificare, qual è l'obiettivo diretto a valle di un transcriptionfactor, questa potrebbe essere un'ottima strategia che è stata molto utilizzata con successo con un fattore di trascrizione che è MADS1. Quindi, se ricordate la mia precedente classe, ho già detto che MADS1 è un regolatore molto importante dello sviluppo di organo floreale o di flowersviluppo nel riso e se mutate MADS1 in sostanza, non avrete una corretta frusta e queste piante sono sterili.