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Études d'interaction génique

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Bienvenue au cours de la biologie du développement des plantes. Nous discutons encore des approches de la génétique moléculaire pour l'étude du développement des plantes. Donc, si je me souviens de la classe précédente, nous discutaient de l'approche génétique inverse basée sur l'étude d'un processus de développement particulier de la plante. Et nous avons abordé la façon d'identifier un gène particulier, comment choisir un gène particulier à l'étude de la fonction, puis comment analyser son différentiel ainsi que l'expressionnisme temporel et spatial à un stade particulier du développement ou dans un organe et un tissu particulier, nous avons pris ce gène pour l'étude fonctionnelle que deux approches principalement nous havestuaires est l'approche du gain de fonction et la perte de fonction approch.Maintenant, nous avons un Gène, nous avons sa fonction, nous savons quel type de phénotype ce gène hasquand nous faisons, quand nous régulons ce gène ou quand nous silons ce gène. Et, secondons nous avons un phénotype ou nous savons ce qui se passe si nous avons ectopique sur le thisgène exprès. Maintenant, la prochaine partie de ce qui reste dans celui-ci est que, si vous avez un gène whatis le prochain et le prochain sera l'étude d'interaction génique ou le mécanisme, ce qui est l'ofaction du mode, comment un gène particulier régulait un processus particulier, ceci est important.Donc, une autre chose qu'un processus de développement particulier n'est habituellement pas régulé par un singlegene. Donc, vous pourriez finir par identifier plusieurs gènes qui pourraient avoir le même phénotype, puis comment étudier, quel genre d'interaction, quel genre de relationshiptous ces gènes ont pour un processus de développement particulier. La première chose est que si vous avez deux gènes et si vous avez un mutant mutantloss des deux gènes et si vous trouvez le même phénotype, si vous voyez que chez les deux mutants le phénotype est le même, alors il y a une question est le premier thingis qui est les deux mutants dans le même gène ou dans le gène différent. Comment gouverner cette possibilité? Vous pouvez le faire génétiquement et vous pouvez étudier l'interaction génétique que vous pouvez faire si je prends un exemple. Donc, si un mutant qui est m1 et un anothermutant qui est m2 tous les deux ont le même phénotype les deux sont des pertes récessives de fonction mutantsable, supposons que le phénotype est une racine courte, si je peux faire une croix et si les deux mutationsse trouvent dans le même locus, qu'est-ce qui va se passer? Vous savez que les gènes existent et qu'il y a deux locus et si ces mutants se trouvent dans le même gène, alors vous pouvez vous attendre à ce que quelque part ici la mutation. Ici, le site de mutation peut être différent, mais dans le même gène, mais si vous faites une croix et allez à la génération F1, qu'est-ce que vous allez avoir? Vous allez avoir un allèle d'un mutant et d'un autre allèle à partir d'anothermutants, mais dans les deux cas, mais dans cette plante hétérozygote, les deux allèles sont perturbés. Donc, vous allez avoir des plantes F1 avec un mutantphénotype. Si c'est le cas, alors vous pouvez dire que ces deux mutants indépendants, le site de mutation, se trouve dans le même gène probablement dans le même gène. D'autre part, si cette mutation mutante nous laisse supposer dans le gène A, il y a un autre gène B qui joue un rôle alsopponse dans le même processus de développement. Et chez le second mutant si des mutations dans le gène geneB, mais les deux sont homozygotes lorsque vous les transperez et que vous allez à la génération F1, vous êtes goingto avoir le gène A perturbé d'ici, mais vous aurez l'allèle de A comme normal à partir d'une autre plante. Ici vous aurez le gène B allele normal fromthis plant, mais ici vous allez avoir B interrompu, mais en ceci dans les deux hétérozygotes ce qui arrivera que le type sauvage copie les deux copies de type sauvage du gène complétera le phénotype mutant, ce qui signifie qu'en F1 vous n'avez pas de phénotype. Donc, ce genre d'analyse génétique que vous réalisez alors vous pouvez dire si les deux mutants se trouvent dans le même gène ou dans le gène différent, puis une autre analyse de parenté. Donc, en gros, ce que nous essayons de discuter, c'est que ce sont les différents types d'interactions. Le premier appel à l'interaction est l'interaction génétique si génétiquement deux mutants ou deux gènes interagissent, qu'est-ce que cela signifie? Cela signifie que s'il y a deux mutants ou deux gènes qui sont régulant la même voie de développement, par exemple, si les deux gènes régulent la longueur des racines, alors ils travaillent dans la même voie? Est-ce qu'ils travaillent dans les différentes voies? Thiswe peut résoudre en ayant une analyse génétique en effectuant une analyse génétique, vous pouvez faire des howyou? Vous pouvez faire une sorte de mutants combinatoires, vous pouvez combiner le mutant andlook le phénotype nous allons voir l'exemple. Une autre chose que vous pouvez identifier les suppresseurs ou les enrichisseurs des mutants. Donc, vous prenez un mutant, puis de nouveau mutageniser et essayer de trouver un autre double mutant où soit le phénotype mutant précédent soit enhancedor supprimé, puis vous établisez leur interaction par le biais de l'analyse génétique. Ensuite, si elles sont l'interaction génétique ou qu'elles interagissent, il se peut que la question suivante ne se pose pas: est-ce qu'elles interagissent physiquement?Donc, il y a beaucoup de facteur de transcription, beaucoup de régulateurs de développement qu'on sait interagir directement entre les protéines et les protéines et ils peuvent rendre le complexe d'ordre supérieur et ce complexe est en fait la régulation du processus. Donc, comment étudier l'interaction protéine-protéine, ce serait une autre chose et d'établir, si vous avez plus d'un régulateur. Ce que nous supposons, c'est que si votre organisme de régulation du développement est un facteur de transcription, ce qui signifie que le thatit va se lier à un élément d'ADN pour activer l'expression génique ou pour sa fonction. Donc, pour établir qu'il pourrait y avoir deux types de gènes, un gène dont votre facteur de transcription est directement régulé, il se lie physiquement au promoteur ou aux éléments régulateurs de votre gène, et l'activation ou la répression de l'expression dépend de sa nature ou elle est indirectement régulée. Dans le cas indirect, votre facteurX de transcription régulait le gène A, puis le gène A est régulé par le gène B. Donc, si vous prenez X par rapport à X, B est également régulé par X, mais X n'est pas directlyréglementant B, il contrôle indirectement B. Et puis vous pouvez vous baser sur ce type d'interaction physique de régulation génétique, vous pouvez construire et vous pouvez comprendre ce qui est la fondation du réseau therégulateur. Vous pouvez également prendre en compte l'analyse de la co expression. Donc, si vous vérifiez un tissu particulier ou un stade de développement particulier et si vous identiez quels sont les gènes qui sont exprimés, vous pouvez prédire qu'il pourrait y avoir des interactionentre eux, si les deux sont présents dans la même cellule ou dans les mêmes tissus. Nous en prendrons un par un. Donc, tout d'abord avec l'interaction génétique de sorte que les interactions.Donc, comme je l'ai dit, que vous pouvez faire en identifiant soit les modificateurs qui pourraient être soit des activateurs suppresseurs. Une possibilité est que si vous avez une mutation, supposons que vous avez une mutation mutantoù se trouve dans ce gène particulier, mais si vous prenez et essayez d'identifier un suppressormutant, si vous êtes de nouveau mutagénèse, il est encore possible qu'un autre mutant qui se trouve dans le même gène soit sur le même site, soit sur le site différent et que les mutants secondaires restaurent la fonction de ce gène particulier, ce genre de mutants sont des suppresseurs calledintragéniques. Une autre possibilité est que vous avez amutant, vous avez un phénotype maintenant une seconde mutation que vous identiez dans un gène totalement indépendant ou différent et si cette mutation supprime le phénotype de ces mutants, alors il est appelé extragénic.Donc, vous pouvez identifier une mutation extragénique, vous pouvez établir leur interaction génétique, vous pouvez établir leur interaction physique, vous pouvez établir leur interaction réglementaire et essayer de comprendre comment c'est le mode d'action. Quand nous analysons s'ils travaillent dans la même voie ou dans une voie différente, s'ils travaillent dans la voie différente Alors cela signifie que les deux voies parallèles se poursuivent et que les deux voies parallèles sont régulatrices du même processus biologique, mais si elles travaillent dans la même voie, alors vous devez établir quel gène est en amont quel gène est en aval est A régulant B ou Bréglementant A. Ainsi, quel gène est en amont et quel gène est en aval et comment vous pouvez établir ceci? Encore une fois à travers l'interaction génétique et la façon commune de le faire, vous faites des mutants différents, des mutants d'ordre supérieur, des mutants combinatoires, des mutants doubles, des mutants triples et ensuite des analyses. Redondance génétique, nous allons prendre des mesures pour étudier le this.Donc, je vais prendre un peu de l'exemple qui est un cas bien étudié de transitions florales ou florales. Donc, en gros ce qui se passe dans l'usine jusqu'à un certain temps, les plantules subissent le processus de croissance végétative, puis décident de la transition, mais la transition de la phase végétative à la phase reproductive est un processus très important dans la plante pour assurer une reproduction sexuée adéquate ou une reproduction sexuelle.Par conséquent, elle est régulée par de multiples régulateurs, de multiples voies et, mais les façons dont certains d'entre eux travaillent de manière indépendante et ensuite il y a une approche interdépendante, ils sont là est une énorme quantité de crosstalk. Mais comment ce croisement a été établi forexample, si vous regardez ici il y a quatre voies photopériode, autonome, vernalisation et acide gibbérellique et toutes ces voies, c'est une image très simple, mais il y a des chemins très complexes et tout ce qu'ils sont en train de réguler la transition de la floraltransition. Donc, si vous regardez la photopériode, si vous regardez la photopériode, la photopériode signifie que la quantité de lumière qu'une plante isole à partir de ce que nous pouvons définir une plante entière en trois catégories soit une plante de jour d'arelong, une plante de jour courte, ou une plante neutre de jour. Donc, dans un état de longue date, qu'est-ce qui se passe?Un gène qui est activé est CONSTANST et alors CONSTANST active deux voies, l'une est FT et le SOC1 et le FT et le SOC1, ils ont leur chemin d'accès indépendant ou parallèle pour réguler la transition florale, comment établir ceci? Si vous regardez ce mutant phenotype.Donc, ici le nombre total de feuilles est compté quand il y a une transition se produit si vous n'avez pas de feuilles, alors c'est retardé la floraison si vous avez moins de feuille, alors il est plus tôt fleing.Donc, si vous regardez une plante typique de type sauvage. Donc, les plantes de type sauvage qu'elles ont en général environ 15 feuilles avant de faire 15 feuilles de rosette avant qu'elles ne transitent de la phase végétative du phaseto à la phase reproductive, mais si vous regardez ces mutants ft, ils font près de 40 leavesavant la transition, ce qui signifie qu'il y a un énorme retard dans la floraison, mais si vous surmonez CONSTANST si vous augmentez la quantité de CONSTANST, vous pouvez voir qu'il y a une floraison précoce. Donc, même moins de 10 feuilles sont faites andplant a déjà subi le processus de floraison, mais une autre chose intéressante que vous avez vu. Donc, ceci dit que le FT est activateur des deux activateurs de la floraison, butquoi se produit si vous prenez CONSTANST par rapport à l'expression dans le fond du mutant ft-10, le CONSTANSTne peut induire la floraison ce qui signifie que CONSTANST est important, CONSTANST est importantin activant la floraison, mais il travaille par le FT.So, si vous n'avez pas FT, CONSTANST n'est pas capable d'activer la floraison. Donc, il est mésqu' il y a une interaction, CONSTANST est en amont de FT et FT il est régulé par le FT. Des choses semblables si vous regardez ici une autre interaction génétique que vous pouvez établir à partir de votre source. Encore une fois, il s'agit d'un type sauvage si vous avez un type sauvage, vous avez environ 15 feuilles au moment de la floraison, mais ft les mutants qui ont retardé la floraison. Un autre gène appelé SOC1, SOC1 est également retardé de la floraison, mais si vous combineFT et SOC1, le phénotype de la plante montre encore plus de retard de la floraison qui mésque ce type de phénotype est appelé phénotype additif. Les deux mutants sont donc des phénotypes additifs. Ceci dit qu'ils travaillent dans deux chemins indépendants. Donc, FT travaille par cette voie, SOC1 travaille par cette voie. Si vous onlymutate FT, il y a un effet. Si vous ne mutez que SOC1, il y a un effet. Mais si vous mutez à la fois la voie parallèle, l'effet est amélioré. Une analyse génétique similaire a été faite ici pour montrer que AGAMOUS-LIKE 17, un autre gène qui fonctionne même à travers une voie différente, mais qui est aussi en aval de CONSTANST.Comme vous pouvez le voir dans le fond mutant constant, l'expression de FT aussi bien que celle de l'AGL17 est diminuée. Donc, CONSTANST activant AGL17 et AGL17 est également activé enfin, AP1 et LFY. Donc, le dernier point de régulation est conservé, mais les voies en amont sont très différentes. Donc, ce genre d'analyse génétique va vous permettre de placer tous ces mutants ou ces gènes dans une voie particulière et de générer une sorte de voies génétiques. Ce qui est important, c'est la redondance génétique, la redondance génétique se produit que parfois il y a une famille d'un gène, il y a plus d'un membre dans une famille particulière, des personnes qui sont toutes ou certaines d'entre elles font la même fonction, ce qui signifie que vous avez un mutant d'un gène, vous pourriez ne pas voir un effet significatif, mais si vous mutatemore qu'un gène, vous commencez à voir l'effet cela s'appelle la redondance génétique.Donc, par exemple, si vous regardez ceci est une plante de type sauvage et c'est pléthore. PLETHORAare AP2 domaine contenant le facteur de transcription, très très importante classe de facteur de transcription qui régule la fonction méristématique, la maintenance des cellules souches et la floraison, mais ici je montre l'effet dans le méristème apical racinaire. Si vous mutez plethora1, il s'agit de deux mutants différents de plethora1 ; vous ne voyez pas un défaut significatif dans la croissance racinaire. De même, lorsque vous mutez seul le plethora2, vous ne voyez pas de différence significative il est tout à fait similaire au type sauvage, mais quand vous faites un doublemutant quand vous mutez à la fois plethora1 aussi bien que plethora2, vous pouvez voir que la croissance racinaire est très fortement inhibée. Elles sont très courtes enracinées, ce qui mésest à la fois le plethora1 et le plethora2, ils travaillent dans une mannase génétiquement redondante pour réguler la croissance des racines et un seul mutant d'elles, n'ont pas d'effet significatif. Ainsi, le développement des racines primaires est normal et il s'agit de ARF's, ARF's est Auxin Response Factorthey sont aussi une classe de facteur de transcription, mais ils travaillent dans la voie de signallingchemin médiée par l'auxine. Ainsi, par exemple, je vais me concentrer sur deux du facteur de réponse auxine, c'est auxarf19 ceci est arf7 et c'est du type sauvage. Donc, si vous comparez avec le type sauvage, arf19et arf7 seul, ils n'ont pas beaucoup d'effet sur le développement des racines latérales. Donc, vous pouvez voir que les racines primaires sont développées et que ces racines primaires ont un nombre significatif de racines latérales, mais lorsque vous combinez les deux, lorsque vous faites un double mutant où arf7 aswell as arf19 tous les deux sont perturbés, vous pouvez voir que la racine primaire est très bien adulte de type sauvage, mais ceci n'a pas de racines latérales. Donc, cette alsosuggère que les AUXIN RESPONSE FACTOR 7 et 19, sont génétiquement redondantes dans la formation des racines régularatérales chez Arabidopsis. Ainsi, ce type d'analyse génétique vous permettra d'établir une relation génétique entre ou entre les différents régulateurs d'une voie de développement particulier.La prochaine chose est que, s'ils interagissent génétiquement ce qui serait la question suivante, est-ce qu'ils interagissent aussi physiquement? Si c'est le cas, comment les étudier? Il y a de la manyway pour étudier l'interaction protéine-protéine, certains d'entre eux sont mis en évidence ici, cet islevure deux hybrides, il s'agit de la spectroscopie de masse basée sur la purification par affinité et il s'agit d'une complémentation bimolecularfluorescence. Ces derniers sont peu utilisés couramment. Donc, chez la levure deux hybrides, ce que nous faisons? Vous prenez un gène et vous en gros. Donc, les deux gènes donc ici qui sont importants que vous devez avoir à la fois le gène cloné dans un autre vecteur, il faut être fusié avec l'appât et un avec la proie.Et si les deux gènes interagissent fondamentalement, ils interagiront, puis l'appât et le preythey se rassembleront et ils donneront une sorte de signaux. Dans la spectroscopie de masse purificationelle, ici fondamentalement basée sur la colonne d'affinité ou vous pouvez avoir une force de traction et ensuite vous retirer certaines protéines et avec ces protéines, il y aura du belot de protéines à venir et ensuite identifier à travers la spectroscopie de masse mettre en place théiridentité pour savoir que les gènes sont en train d'interagir. De même, ceci est en principlethis est similaire à la levure deux hybrides, mais ici le mode de détection est la base de fluorescence. Donc, si vous avez une protéine fluorescente whichhas deux domaines, mais si ces deux domaines sont ensemble alors et seulement alors ils donneront la fluorescence. Donc, vous les clonez dans l'utilisation séparée d'une protéine ici, une autre protéine ici, que vous voulez voir s'ils interagissent ou non si ces protéinssont en interaction, alors ils apporteront les deux domaines ensemble quand un et b domainsare ensemble ils donneront une sorte de signal de fluorescence, alors vous pouvez essentiellement montrer que les blés sont en interaction ou not.Donc, voici quelques exemples de quelques exemples de cette interaction protéine-protéine. Par exemple, si vous regardez AP1 et SEPALLATA3, AP3, PI vous étudierez dans la prochaine classe ce sont des gènes très importants qui régulent le développement de l'organe floral chez Arabidopsis et SEU S E U, c'est un autre gène qui est important et ici ce qu'ils ont essayé de vérifier si SEU interagit ou non avec ces gènes ABC. Et cela a été fait par la levure deux hybrides et ce que vous pouvez voir ce signal de couleur dira qu'il y a une interaction, s'il n'y a pas de couleur alors il n'y a pas d'interaction. Donc, si vous regardez ce test, vous pouvez découvrir que SEU n'interagit qu'avec AP1 et SEPALLATA3, mais ce n'est pas interactingwith AP3, il n'est pas directement ou physiquement interagissant avec PI. Ensuite, si vous avez identifiedok AP1 et SEP3 sont en interaction avec C1, vous pouvez aussi établir par la levure deux hybridthat ce qui est le domaine d'interaction. Donc, ce AP1 et SEP3 sont tous deux un facteur de transcription du domaine MADS, ils ont un domaine qui s'appelle domaine MIK et un autre domaine de domainis C terminal. Donc, ici en particulier, ils ont pris les domaines onlyMIK des facteurs et des domaines terminaux C du facteur et ils ont checkedthe interaction, vous pouvez voir clairement que seul le domaine du terminal C est l'interaction showinginteraction. Mais le domaine MIK ne montre pas d'interaction, ce qui signifie que vous pouvez vérifier que AP1 et SEPALLATA 3 ils interagissent avec SEU via leur domaine de terminal C. Un autre test est réalisé pour deux autres facteurs de transcription très importants, le développement de racines adventives dans le riz. ERF3 est un domaine AP2 qui contient le facteur de transcription, le WOX11 est un domaine homéobox contenant un facteur de transcription et les deux sont très importants pour le développement des racines adventives. Et ici à travers le retrait de ce qu'ils ont fait. Donc, ils ont en gros fused ERF3 avec la balise GST et WOX11 avec Sa balise et vous pouvez descendre à l'aide d'anticorps anti-GST ou anti Son anticorps et si vous utilisez anti-GSTfor, vous pouvez faire le transfert immunitaire en utilisant son anticorps anti.Donc, si ERF3 et WOX11 sont en interaction, alors si vous appuyez sur ERF3 WOX11 vous pouvez detectWOX11. Si vous avez arrêté WOX11 vous pouvez détecter ERF3 et ceci est in vitro façon de faire la détection et ici vous pouvez voir que, soit vous utilisez anti GST ou anti His dans les deux cas, vous pouvez détecter la bande. Une autre façon de faire une interaction protéine-protéine est Co-IP, co-immunoprécipitation que vous pouvez faire in vivo. Donc, vous pouvez faire une plante transgénique où vous avez déjà une protéine balisée. Ainsi, par exemple, il s'agit de la balise FLAG. Donc, vous pouvez étiquetez votre protéine avec n'importe quelle étiquette, puis vous pouvez utiliser l'anticorps contre la balise et vous pouvez faire le retrait de l'extrait total de la plante, puis détecter ou faire des immunobuvardage avec l'autre gène que vous voulez montrer l'interaction. C'est à partir de l'étude du sésame et c'est votre méthode BiFC et ici vous pouvez voir quand ces deux proteinsare interagir avec vous aura un signal jaune s'ils ne sont pas en interaction, il n'y aura pas de signal jaune. C'est un exemple de retrait suivi de la spectroscopie de masse, je ne vais pas entrer dans le détail, mais pourquoi je veux dire ici que vous pouvez faire au niveau mondial. Donc, vous pouvez étiquetez une protéine, vous pouvez utiliser cette balise en anticorps contre la balise, vous pouvez faire le retrait, puis vous pouvez identifier toute la protéine par spectroscopie de masse à l'échelle mondiale pour identifier toutes les protéines qui interagissent avec une protéine particulière. Ensuite, la deuxième étude qui est importante est l'interaction entre l'ADN et les protéines, car vous savez que la plupart des chefs-d'œuvre de l'évolution sont des facteurs de transcription. Il est donc très important d'identifier ce qui est leur domaine de liaison, quels sont les éléments ADN où ils se lient et comment ils sont réglementés, quels sont leurs cibles directes, quelles sont leurs cibles indirectes. Donc, il y a encore beaucoup de techniques disponibles, mais peu d'entre elles m'en discutent. Donc, il y a des façons in vitro de faire, c'est l'impression à pied, l'essai de mobilité électrophorétique, puis la levure hybride dans la levure, chez la levure hybride, vous pouvez utiliser l'ADN, puis identifier quelles sont les protéines qui sont identifiées à ces éléments d'ADN. Thesetwo are the more kind of physical assay to study the interaction FRET and SPR and thenChIP assay chromatin immunoprécipitation which is very extensive used to study theprotein-protein interaction.So, this is one example of électrophortic mobility shift assay, gel shift assay alsothis is convoquée. Donc, dans ce cas ce que vous pouvez faire, vous pouvez prendre un élément de liaison putatif de siteDNA, vous pouvez faire une petite sonde et ensuite cette sonde peut être étiqueté avec radioactiveucléotide et ensuite vous mélangez avec votre protéine et ce qui arrive que si votre protéine est bindingavec ces éléments et si vous exécutez le gel et détecte la liaison à l'aide de mutants vous pouvez voir un changement. Donc, maintenant c'est votre sonde libre si votre sonde libre est liée à la protéine, alors vous détecrez une protéine ou à la taille moléculaire plus élevée, alors vous pouvez dire que votre protéine est fondamentalement liante à l'élément cis. Toconfirm it, you can mutate your binding site putative binding site and show that when you are mutating this the binding is total discomparaître as you can see here there is no binding, buthere there is binding, Then ChIP assay as I say this is very important. Donc, les précipitations immunitaires de la chromatine que vous pouvez faire au niveau des gènes, vous pouvez faire au niveau mondial comme vous voulez. Ici ce que vous voulez, en gros, vous avez un site de liaison putatif. Donc, ce que vous faites, vous permettez à votre protéinto de se lier à la chromatine si vous avez un facteur de transcription qu'il va aller et lier à sa cible thenyou le corriger vous pouvez traverser le lien. Donc, votre protéine sera fixée de façon permanente ou covalentlyliée à l'ADN, puis vous extrayez la chromatine totale, faites un petit fragment et utilisez l'antibodycontre soit votre protéine directement ou si vous avez une étiquette associée à votre protéinand, faites tomber cette région de la chromatine ou ces fragments de chromatines qui sont liés à votre protéine et ensuite vous traitez avec la protéinase. Donc, vous éliminerez votre protéine maintenant vous ne havea un fragment d'ADN que. Donc, soit vous prenez ce fragment d'ADN andif que vous savez ce qui est le site de liaison putatif, vous pouvez concevoir une amorce spécifique et vous canamplifiez par PCR, qRT PCR ou qPCR ou si vous ne connaissez pas la séquence que vous prenez des fragments de thosefragments dans certains vecteurs les séquencer et identifier quels sont les sites de liaison. Donc, voici quelques exemples, par exemple, si vous regardez ce sont les sites de liaison putatifs AGL24 qui est le facteur de transcription MADS-domaine et ceci est balisé avec la balise HA tag6HA. Donc, si ce que vous pouvez faire, vous pouvez basicallydo l'immunopprécipitation de la chromatine à l'aide d'anticorps dirigés contre l'AP, vous trouverez le fragment et vous voulez voir si AGL24 est lié au promoteur SOC1 ou non à ces sites de liaison putatifs pour l'AGL24 dans le promoteur SOC1. Et puis vous vérifiez par PCR par PCR ou par PCR simple ADN génomique pour la région différente et ce que vous pouvez voir, cette région montre un enrichissement maximal, ce qui signifie que cette région s'enricha lorsque vous faites immunopprécipitation de la chromatine pour 24, ce qui signifie que la liaison est très élevée dans cette région ici, c'est faible ici, c'est bas, mais si vous regardez cette région, la liaison est très faible. Une étude similaire a été réalisée ici, où une cible ou des cibles directes de MADS1 un autre facteur de transcription dans le ricehas ont été étudiées. Et ici vous pouvez voir, cette analyse a été faite pour montrer que MADS1est directement associé à la chromatine de toutes ces cibles directes, c'est l'interaction protéine-protéine ou interaction ADN-protéine, et ceci est très important pour comprendre le mécanisme d'un facteur de transcription, puis vous déplacerez plus pour comprendre les interactions régulatrices entre les régulatorsures et là les voies qui sont régulées par les régulateurs du développement. Une façon de faire est que la méta-analyse vous pouvez faire l'analyse de co-expression et il ya toutes ces données qui sont déjà publiées ou soumises à la base de données toutes ces bases de données peuvent être retrievedand lot d'analyse d'expression et, en fait il ya beaucoup de base de données a été generatedoù vous pouvez juste mettre id de votre gène, vous pouvez trouver quels sont les gènes que l'areco-exprimé avec ce gène. S'ils sont co-exprimés avec ce gène, vous pouvez vous attendre à ce qu'il y ait une interaction qu'ils peuvent avoir sur certaines interactions entre eux et ce type d'étude a été utilisé pour identifier. Par exemple, si vous êtes à la recherche d'une approche globale du réseau d'expression co-expression pour connecter les gènes à la métabolicvoie spécialisée dans la voie. Donc, si vous combinez des données si vous regardez la théco, vous pouvez identifier les gènes qui pourraient être responsables ou qui pourraient fonctionner dans une voie de développement similaire ou une voie similaire ou un métabolicsentier similaire.Une autre chose très importante, particulièrement avec le facteur de transcription, c'est que si vous voulez dire que ce qui est le mécanisme d'un facteur de transcription particulier est la voie de développement spécifique régulatinga, vous devez identifier quels sont les gènes régulés par ce facteur de transcription. Et ceci vous pouvez faire à nouveau comme un niveau de gène que vous pouvez faire au niveau mondial. Pour identifier ce type de gènes, il est possible d'utiliser le séquençage de l'ARN de microréseaux, si vous quantifiez l'expression totale de l'expression globale des gènes dans le type sauvage et le mutant d'un facteur de transcription particulier, vous pouvez identifier quels sont les gènes dont les étiquettes d'expression sont altéées dans le thème et ensuite vous pouvez établir qu'elles sont fondamentalement régulées. Et ce type d'étude a été récemment mis en évidence pour identifier les gènes globaux régulés par les gènes PLETHORA. Donc, comme je l'ai dit, il y a plusieurs PLETHORA 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 et puis ce qu'il a été fait. Ainsi, les gènes PLETHORA ont été fusiutilisés avec le glucocorticoïécepteur. Si vous vous souvenez d'une des conférences précédentes, j'ai discuté de ce qui est le glucocorticoidrécepteur, de cette façon vous pouvez contrôler l'activité de votre facteur de transcription par régulatingits de translocation du cytoplasme au noyau, puis quand vous induit et après induction, vous pouvez réaliser des microarray et identifier quels sont les gènes qui sont induits ou qui sont les gènes qui sont réprimés. Donc, en faisant cela, ils ont essentiellement identifiedles gènes qui sont partagés par deux PLETHORA trois PLETHORA quatre PLETHORA cinq PLETHORA et tous les six PLETHORA et ils ont également identifié quels sont les gènes qui sont spécifiquement régulés par l'un ou l'autre de la PLETHORA, soit activés soit réprimés. Mais, cette analyse par le biais de cette analyse globale pour tous ces gènes a été très interestingobservation ici que tous les gènes activés, si vous regardez ici.Donc, ils sont exprimés dans les gènes méristématiques. Ainsi, dans les méristematicgènes ou dans les domaines méristématiques, les gènes sont pour la plupart activés alors que les répressés sont surtout exprimés dans le domaine de l'élongation. Donc, en faisant ce genre d'analyse de réseau génétique et expressionnelle, vous pouvez prédire la régulation génétique. Des choses semblables ont été faites ici, où l'architecture des réseaux de régulation des gènes contrôlant le développement floral chez Arabidopsis thaliana. Donc, comme je l'ai dit, le flux commence à partir de la transition de la phase végétative à la phase reproductive, puis une transition a eu lieu, les primordiums floraux sous sont le méristème floral sous les différents stades de développement et les cibles de différents stades de développement ou de transcriptionfacteurs à différents stades de développement ont déjà été identifiés dans différents études. Et si vous pouvez prendre toutes ces données et si vous pouvez faire l'analyse de co-expression, vous pouvez établir une relation de régulation entre les régulateurs et vous pouvez identifier les gènes qui sont Ils sont généralement réglementés ou les gènes qui sont spécifiquement régulés par un certain régulators.Donc, ceci sera probablement le dernier de la diapositive d'aujourd'hui. Donc, ici ce que j'essaie de vous dire, si vous voulez identifier, quelle est la cible directe en aval d'un facteur de transcription, il pourrait s'agir d'une très bonne stratégie qui a été très bien utilisée avec un facteur de transcription qui est MADS1. Donc, si vous vous souvenez de ma classe précédente, j'ai déjà dit que MADS1 était un régulateur très important du développement ou du développement d'organes floraux dans le riz et si vous mutez MADS1 en gros, vous n'aurez pas de développement correct et ces plantes sont stériles.