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Module 1: Genética molecular del desarrollo de plantas

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Estudios de interacción genética

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Bienvenido de vuelta al curso de la Biología del Desarrollo Vegetal. Todavía estamos discutiendo acerca de los enfoques de Genética Molecular para el estudio del desarrollo de las plantas. Por lo tanto, si recuerdo a la clase anterior, estábamos discutiendo acerca de los enfoques basados en la genética inversa para estudiar un determinado proceso de desarrollo en la planta.Y, hemos cubierto cómo identificar un gen en particular, cómo elegir un gen en particular para estudiar su función, entonces cómo analizar su diferencial, así como el patrón de expresión temporal y espacial en una etapa particular del desarrollo o en un órgano y tejido en particular, entonces hemos tomado este gen para el estudio funcional que dos enfoques principalmente hemos perdido es la ganancia del enfoque de la función y la pérdida de la función approach.Ahora, así que tenemos un gen, tenemos su función, sabemos qué tipo de fenotipo tiene este gen cuando hacemos, cuando bajamos regular este gen o cuando silenciamos este gen. Y, en segundo lugar, tenemos un fenotipo o sabemos lo que sucede si ectopicamos por encima de este gen. Ahora, la siguiente parte lo que queda en este es que, si usted tiene un gen que es el siguiente y el siguiente será el estudio de interacción genética o el mecanismo, cuál es el modo de la facción, cómo un gen en particular está regulando un proceso en particular esto es importante.Así, otra cosa que un proceso de desarrollo particular no es generalmente regulado por un singlegere. Por lo tanto, es posible que acabes identificando varios genes que podrían tener un fenotipo similar al mismo fenotipo, luego cómo estudiar, qué tipo de interacción, qué clase de relacionestodos esos genes tienen para un particular en un proceso de desarrollo en particular. Lo primero es que supongamos que si tienes dos genes y si tienes mutante de función mutante de ambos genes y si encuentras el mismo fenotipo, si veis que en ambos el fenotipo de mutantes es el mismo entonces hay una pregunta es la primera tingis que son los dos mutantes en el mismo gen o en el gen diferente. ¿Cómo descartar esta posibilidad? Esto lo puedes hacer genéticamente y puedes estudiar la interacción genética que puedes hacer si tomo un ejemplo. Por lo tanto, si un mutante que es m1 y otro mutante que es m2 ambos están teniendo el mismo fenotipo, ambos son una pérdida recesiva de la función mutanarena, supongamos que el fenotipo es de raíz corta, si puedo hacer una cruz y si ambas mutaciones están en el mismo locus, ¿qué va a pasar? Usted sabe que los genes existen y hay dos loci y si estos mutantes están en el mismo gen entonces usted puede esperar que en algún lugar aquí la mutación. Aquí el sitio de la mutación podría ser diferente, pero en el mismo gen, pero si usted hace una cruz y va a la generación de F1, ¿qué va a tener? Usted va a tener un alelo de un mutante y otro alelo de otros mutantes, pero en ambos casos, pero en esta planta de F1 heterocigosa, ambos alelos son perturbados. Por lo tanto, usted va a tener plantas de F1 con mutantfenotipo. Si este es el caso, entonces usted puede decir que estos dos mutantes independientes del sitio de la mutación está en el mismo gen probablemente en el mismo gen. Por otro lado, si esta mutación mutante nos permite asumir en el gen A y hay otro gen B que también está jugando papel en el mismo proceso de desarrollo. Y en segundo mutante si las mutaciones en el gene-B, pero ambos son homocigotos cuando los cruza e ir a la generación de F1 que está goingto tener el gen A interrumpido de aquí, pero usted tendrá alelo de A como una normal de otra planta. Aquí usted tendrá el gen B allele normal de esta planta, pero aquí usted va a tener B interrumpido, pero en esto en ambos en esta heterocigotes lo que va a pasar que la copia del tipo salvaje tanto las copias del tipo salvaje del gen complementará el fenotipo mutante lo que significa que en la F1 usted no va a conseguir ningún fenotipo. Por lo tanto, este tipo de análisis genético que usted realiza entonces usted puede decir que si ambos mutantes están en el mismo gen o en el gen diferente, entonces otro análisis de parentesco. Por lo tanto, básicamente aquí lo que estamos tratando de debatir es que cuáles son los diferentes tipos de interacciones. La primera interacción wecan llamada es la interacción genética si genéticamente dos mutantes o dos genes están interactuando, ¿qué significa? Significa que si hay dos mutantes o dos genes que están regulando la misma vía de desarrollo, tomemos el ejemplo si ambos están regulando la longitud de la raíz entonces ellos, ¿están trabajando en la misma vía? ¿Están trabajando en las diferentes vías? Esto lo podemos resolver teniendo un análisis genético haciendo un análisis genético, ¿cómo se puede hacer? Se puede hacer una especie de mutantes combinatorios, se puede combinar tanto el mutante y mirar el fenotipo vamos a ver el ejemplo. Otras cosas que puedes identificar potenciadores supresores de los mutantes. Por lo tanto, usted toma un mutante y luego otra vez mutagenize y tryto encontrar otros mutantes dobles donde o el fenotipo mutante anterior está enhancadoo suprimido y luego usted establece su interacción a través del análisis genético. Por lo tanto, este tipo de interacciones se llaman interacciones genéticas. Entonces la segunda cosa es que si ellos son la interacción genética o pueden estar interactuando, puede que no estar interactando la siguiente pregunta es venir, ¿están físicamente también interactuando?Por lo tanto, hay mucho factor de transcripción, muchos de los reguladores del desarrollo son conocimientospara interactuar directamente con la interacción proteína-proteína y pueden hacer que el complejo de orden superior y que el complejo está regulando realmente el proceso. Por lo tanto, cómo estudiar la interacción proteína-proteína, eso sería otra cosa y establecer, si usted tiene más de un regulador. En segundo lugar, esto es particularmente la interacción de ADN de proteínas o la interacción de ARN esta dependencia nos da por supuesto que si su regulador del desarrollo es un factor de transcripción, lo que significa que la tatit irá y unirse a algún elemento de ADN para activar la expresión génica o para su funciona.Así, para establecer así que podría haber dos tipos de genes, uno de los genes que su transcriptionfactor está regulando directamente, va a ser físicamente vinculante para el promotor o los elementos reguladores de su gen y la activación o represión de la expresión dependiendo de su naturaleza o se está regulando indirectamente. En caso indirecto, su factorX de transcripción está regulando el gen A y entonces el gen A está regulando el gen B. Por lo tanto, si usted toma X con respecto a X, B también está regulado por X, pero X no está regulando directamente B, está regulando indirectamente B. Y, entonces usted puede basarse en este tipo de interacción física regulatoria genética, puede construir y puede entender lo que es la base de la red reguladora. También puede tomar ayuda del análisis de la expresión co. Por lo tanto, si usted revisa un determinado tejido o etapa particular de desarrollo e identifica lo que son los genes que se expresan, básicamente puede predecir que podría haber interacción entre ellos, si ambos están presentes en la misma célula o en los mismos tejidos. Por lo tanto, tomaremos uno por uno. Por lo tanto, primero comience con la interacción genética de manera que las interacciones genéticas. Por lo tanto, como lo dije, que usted puede hacer mediante la identificación de modificadores que podrían ser ya sea potenciadores supresores. Una posibilidad es que si usted tiene una mutación, supongamos que tiene una mutación mutante donde está en este gen en particular, pero si usted toma y trata de identificar un supresor, si usted mutagénesis de nuevo hay otra vez la posibilidad de que otros mutantes que sucede en el mismo gen ya sea en el mismo sitio o en el sitio diferente y los secundarios podrían restaurar la función de este gen en particular tal tipo de mutantes son el supresor calledintragénico. En otra posibilidad es que usted tiene amutant, usted tiene un fenotipo ahora segunda mutación que se identifica en un gen totalmente independiente o diferente y si esta mutación está suprimiendo el fenotipo de este mutantes entonces se llama extragenica.Así, usted puede identificar la mutación extragénica, usted puede establecer su interacción genética, usted puede establecer su interacción física, usted puede establecer su interacción reguladora y tratar de entender cómo cuál es el modo de acción. Cuando estamos analizando si están trabajando en la misma vía o vía diferente, si están trabajando en la vía diferente Entonces, significa que ambos hay más de una vía paralela en marcha y ambas vías paralelas que están regulando el mismo proceso biológico, pero si están trabajando en la misma vía, entonces usted tiene derecho a establecer qué gen es aguas arriba qué gen está aguas abajo es A regular B o Bregulando A. Entonces, ¿qué gen está aguas arriba y qué geneis aguas abajo y cómo se puede establecer esto? De nuevo a través de la interacción genética y la forma común de hacerlo que haces mutantes diferentes, mutantes de orden superior, mutantes combinatoriales, doble mutante, triple mutante y luego analizar. La redundancia genética que vamos a tomar de forma parala estudiar esto. Por lo tanto, voy a tomar parte del ejemplo de esto es un caso bien estudiado de un floral o floraltransiciones. Por lo tanto, básicamente lo que sucede en la planta hasta cierto punto de tiempo, la planta se somete al proceso de crecimiento vegetativo entonces decide la transición, pero la transición de la fase vegetativa a la fase reproductiva es un proceso muy importante en la planta para asegurar la reproducción sexual adecuada o la reproducciónsexual exitosa. Por lo tanto, está regulada por múltiples reguladores múltiples, múltiples vías y, pero las vías de acceso de algunos de ellos están trabajando de manera independiente y entonces hay una manera interdependiente, ellos son que hay una gran cantidad de diafonía. Pero cómo este crosstalk se estableció prexample, si usted mira aquí hay cuatro vías fotoperiod, autónomo, vernalización y vía ácido gibberellic y todas estas vías, esto es una imagen muy simple, pero hay estas vías son bastante complejas y todo lo que son finalmente la regulación de la transición floraltransición; por lo que, voy a tomar pocos de los ejemplos y si usted look.Así, si usted mira el fotoperíodo, fotoperiod significa que la cantidad de luz una planta se basa en que podemos definir planta entera en tres categorías ya sea que arelong planta de día, planta de día corto, o planta neutral de día. Así que, en condición de largo día, ¿qué sucede?Un gen que se está activando es CONSTANST y luego CONSTANST activa dos vías, una es FT y SOC1 y FT y SOC1, están teniendo sus vías de acceso independientes o paralelas para regular la transición floral, ¿cómo establecer esto? Si se ve este fenotipo mutante. Por lo tanto, aquí el número total de hojas se cuenta cuando hay una transición se produce si usted havemore hojas entonces se retrasa la floración si usted tiene menos hoja entonces es el flujo temprano. Por lo tanto, si usted se ve una planta típica de tipo silvestre. Por lo tanto, las plantas de tipo silvestre suelen ser aproximadas15 hojas antes de hacer 15 hojas de roseta antes de que transiten de la fase de reproducción vegetativa a la fase reproductiva, pero si se ven estos mutantes de ft, están haciendo casi 40 leavesantes de la transición, lo que significa que hay un gran retraso en la floración, pero si usted por encima de expresar CONSTANST si aumenta la cantidad de CONSTANST, se puede ver que hay floración temprana. Por lo tanto, incluso menos de 10 hojas son hechas y la planta ya ha sido sometida al proceso de floración, pero otra cosa interesante lo que has visto. Por lo tanto, esto dice que FT es activador de ambos son activadores de la floración, pero lo que sucede si usted toma CONSTANST sobre la expresión en el ft-10, fondo mutante de ft el CONSTANSTno puede inducir la floración, lo que significa que CONSTANST es importante, CONSTANST es importante activar la floración, pero está trabajando a través de FT.Así, si usted no tiene FT, CONSTANST no es capaz de activar la floración. Por lo tanto, es que hay una interacción, CONSTANST está aguas arriba de FT y FT está regulando através del FT. Similar clase de cosas si usted mira aquí otra interacción genética usted puede establecer desde su fuente. Una vez más esto es de tipo salvaje si usted tiene tipo salvaje, tiene alrededor de 15 hojas en el momento de la floración, pero los mutantes de ft que han retrasado la floración. Otro gen que se llama SOC1, SOC1 también se retrasa la floración, pero si se combineFT y SOC1, el fenotipo de la planta está mostrando aún más la floración retardada que meanses que este tipo de fenotipo se llama fenotipo aditivo. Por lo tanto, ambos mutantes son de tipo fenotipo de aditivo. Esto indica que están trabajando en dos vías de acceso independientes. Por lo tanto, FT está trabajando a través de esta vía, SOC1 está trabajando a través de esta vía. Si usted onlymute FT, hay un efecto. Si solo mutas SOC1, hay un efecto. Pero si usted muta tanto la vía paralela el efecto es mejorado. Similar tipo de un análisis genético se ha hecho aquí para mostrar que AGAMOS-LIKE 17, otro gen que incluso está trabajando a través de una vía diferente, pero esto también está aguas abajo de CONSTANST.Como se puede ver en el fondo mutante constante, la expresión de ambos FT, así como AGL17 isdecreció. Por lo tanto, CONSTANST está activando AGL17 y AGL17 también está activando finalmente, AP1 y LFY. Por lo tanto, el punto final de la regulación es quiteconservidos, pero las vías aguas arriba son diferentes bastante diferente. Por lo tanto, este tipo de análisis genético básicamente le permitirá colocar todos estos mutantes o todos estos genes en una vía particular y para generar una especie de vías genéticas. Otra cosa importante es la redundancia genética, la redundancia genética sucede que en algún momento si hay una familia de un gen, hay más de un miembro en una familia en particular, hathappens que todos o algunos de ellos están haciendo la misma función, lo que significa que usted tiene mutante de un gen, es posible que no vea un efecto significativo, pero si usted muta que uno de los genes que usted comienza a ver el efecto esto se llama redundancia genética.Así que, por ejemplo, si se mira esto es planta tipo salvaje y esto es plétora. PLETHORAson dominio AP2 que contiene factor de transcripción, muy importante clase de transcriptionfactor que regula la función de meristem, mantenimiento de células madre, así como la floración, pero aquí estoy mostrando el efecto en la raíz apical meristem. Si usted muta pletora1, estos son dos diferentes mutantes de pletora1; no se ve un defecto significativo en el crecimiento de la raíz. Del mismo modo, cuando se muta pletora2 solo, no se ve una diferencia significativa es bastante similar al tipo salvaje, pero cuando se hace un doble defecto cuando se muta tanto pletora1 como pletora2, se puede ver que el crecimiento de la raíz muy fuertemente inhibido. Son muy poco arraigados, lo que significa que tanto pletora1 como pletora2, que están trabajando en un mannera genéticamente redundante para regular el crecimiento de la raíz y el único mutante de ellos, no tienen un efecto significativo. Similar tipo de cosas que usted puede mirar aquí, aquí el efecto es en la raíz lateral. Por lo tanto, el desarrollo de la raíz primaria es normal y estos son ARF, ARF's son Auxin Response Factorque también son una clase de factor de transcripción, pero que trabaja en la vía de señalización mediada por la auxina. Así, por ejemplo, voy a centrarme en dos de factor de respuesta de auxina esto es auxarf19 esto es arf7 y este es de tipo salvaje. Por lo tanto, si se compara con el tipo salvaje, el arf19y el arf7 por sí solos no tienen mucho efecto en el desarrollo de la raíz lateral. Por lo tanto, se puede ver que las raíces primarias se desarrollan y estas raíces primarias tiene un número significativo de raíces laterales, pero cuando se combina ambos, cuando se hace un doble mutante donde el arf7 aswell como arf19 ambos se interrumpen, se puede ver que la raíz primaria es muy bien crecida es equivalente a tipo salvaje, pero esto no tiene ninguna raíz lateral. Por lo tanto, estos alsouggests que AUXIN RESPUESTA FACTOR 7 y 19, son genéticamente redundantes en la formación de la raíz lateral en Arabidopsis. Por lo tanto, este tipo de análisis genético permitirá establecer una relación genética entre o entre varios reguladores de una vía de desarrollo particular.Lo siguiente es que, si están genéticamente interactuando cuál sería la siguiente pregunta, ¿están físicamente interactuando también? Si esto es así, ¿cómo estudiarlos? Hay manyway para estudiar la interacción proteína-proteína, algunos de ellos se destaca aquí, este islevadura dos híbridos, esto es la purificación de la afinidad espectroscopía de masa basada y esto es la complementación biolecularfluorescencia. Estos son pocos muy utilizados comúnmente. Así que, en la levadura dos híbridos, ¿qué estamos haciendo? Usted toma un gen y básicamente. Por lo tanto, tanto los genes por lo que aquí es importante que usted tiene que tener tanto el gen clonado en un vector diferente uno tendrá que ser fusionado con el cebo y uno con la presa.Y si ambos genes están básicamente interactuando, ellos interactuarán y luego el cebo y preyellos se juntarán y darán algún tipo de señal. En la espectroscopía de masa purificada de afinidad, aquí básicamente en base a la columna de afinidad o se puede tener un tirón de pull hacia abajo y luego se tira hacia abajo algunas proteínas y junto con esa proteínas, habrá belot de proteínas se vienen y luego se identifican a través de la espectroscopia de masas establecer la entidad irididente para saber que los genes se están interactuando. Del mismo modo, esto es en principio esto es similar a la levadura dos híbridos, pero aquí el modo de detección es la base fluorescente. Por lo tanto, si usted tiene una proteína fluorescente que tiene dos dominios, pero si estos dos dominios están juntos entonces y sólo entonces darán la fluorescencia. Por lo tanto, usted los clona en el uso por separado una proteína aquí, otra proteína aquí, que usted quiere ver si están interactuando o no si estas proteinasestán interactuando entonces ellos traerán ambos dominios juntos cuando un y b dominioson juntos darán una especie de señal de fluorescencia entonces usted puede básicamente mostrar si están interactuando o not.Así, aquí están algunos casos de pocos ejemplos de esta interacción proteína-proteína. Por ejemplo, si usted mira AP1 y SEPALATA3, AP3, PI usted estudiará en la siguiente clase que son genes muy importantes que están regulando el desarrollo de órganos florales en Arabidopsis y SEU S E U, este es otro gen que es importante y aquí lo que han tratado de comprobar si SEU está interactuando con estos genes ABC o no. Y, esto se ha hecho por la levadura dos híbridos y lo que se puede ver esta señal de color dirá que hay una interacción, si no hay color entonces no hay interacción. Por lo tanto, si usted mira este ensayo, puede encontrar claramente que SEU está interactuando sólo con AP1 y SEPALATA3, pero no está interactuando con AP3, no está interactuando directa o físicamente con PI. Entonces si usted tiene identifiedok AP1 y SEP3 están interactuando con C1, también puede establecer a través de la levadura dos hibridasque es el dominio de la interacción. Por lo tanto, este AP1 y SEP3 son el dominio MADS que contiene el factor de transcripción, tienen un dominio que se llama dominio MIK y otro dominio de terminal C domainis. Por lo tanto, aquí específicamente han tomado los dominios de MIK tanto de los factores como de los dominios de terminal C de ambos el factor y han puesto en jaque la interacción, se puede ver claramente que sólo el dominio de terminal C son interacción showinginteraction. Pero, el dominio MIK no está mostrando interacción, lo que significa que usted puede decir que AP1 y SEPALATA 3 están interactuando con SEU a través de su dominio de terminal C ok. Otro ensayo esto se hace para otro factor de transcripción muy importante duringadventiventicia desarrollo raíz en el arroz. ERF3 es un dominio AP2 que contiene el factor de transcripción, WOX11 es un dominio de la casa que contiene el factor de transcripción y ambos son muy importantes para el desarrollo de la raíz adventicia. Y aquí a través del tirón de lo que han hecho. Por lo tanto, básicamente han fusionado ERF3 con la etiqueta GST y WOX11 con Su etiqueta y se puede tirar abajo usando el anticuerpo anti GST o anti Su anticuerpo y si usted está usando anti GSTfor tirar hacia abajo y luego usted puede hacer la blotting inmune usando anti Su anticuerpo.Por lo tanto, si ERF3 y WOX11 están interactuando entonces si se tira de ERF3 WOX11 se puede detectWOX11. Si se tira de WOX11 se puede detectar ERF3 y esto es in vitro forma de hacer la detección y aquí se puede ver que, o se utiliza anti GST o anti-Su en ambos casos se puede detectar la banda. Otra forma de hacer la interacción proteína-proteína es Co-IP, co-inmuneprecipitación esto se puede hacer in vivo. Por lo tanto, básicamente puedes hacer una planta transgénica donde ya tienes una proteína etiquetada. Así, por ejemplo, se trata de la etiqueta FLAG. Por lo tanto, usted puede etiquetar su proteína con cualquier etiqueta y luego usted puede usar el anticuerpo contra la etiqueta y usted puede hacer el tirón hacia abajo del extracto total de la planta y luego detectar o hacer inmuneblotting con el otro gen que desea mostrar la interacción. Este es del estudio del mismo y este es su método BiFC y aquí puede ver cuando estas dos proteinesestán interactuando usted tendrá señal amarilla si no están interactuando no habrá señal amarilla. Esto es ejemplo de tirar abajo seguido por espectroscopia de masas, no voy a entrar en el detalle, pero por qué quiero decir aquí que usted puede hacer a nivel global. Por lo tanto, usted puede etiquetar una proteína, usted puede usar esa etiqueta en el anticuerpo contra la etiqueta, usted puede hacer el tirón hacia abajo y luego usted puede identificar toda la proteína a través de espectroscopía de masas a nivel global para identificar todas las proteínas que están interactuando con una proteína en particular. Entonces segundo estudio que es importante es la interacción del ADN-proteína como usted sabe que la mayoría de los reguladores de los desarrollos son el factor de transcripción. Por lo tanto, es muy importante identificar cuál es su dominio vinculante, cuáles son los elementos del ADN en los que se unen y cómo regulan, cuáles son sus objetivos directos, cuáles son sus objetivos indirectos. Así que, ¿cómo hacer hay de nuevo un montón de técnicas disponibles, pero pocos de ellos estoy discutiendo aquí. Por lo tanto, hay alguna manera in vitro de hacer, esto es la impresión a pie, el ensayo de cambio de movilidad electroforética y luego la levadura un híbrido en la levadura, en la levadura un híbrido se puede utilizar el ADN y luego identificar cuáles son las proteínas que se identifican a los elementos de ADN. Estos son los más tipos de ensayo físico para estudiar la interacción FRET y SPR y el ensayo de CHIP inmunopalitación de cromatina que está siendo muy ampliamente utilizado para estudiar la interaccionesproteína-proteína.Así, este es un ejemplo de ensayo de cambio de movilidad electroforética, ensayo de cambio de gel también se llama. Así que, en este caso lo que puedes hacer, puedes tomar un elemento de siteDNA de enlace putativo que puedes hacer una pequeña sonda y luego esta sonda puede ser etiquetada con radioactivo y luego se mezcla con tu proteína y lo que sucede que si tu proteína está bindingcon estos elementos y si corres el gel y detectas el enlace usando cualquier mutantes, podrás ver un cambio. Así que, ahora esta es su sonda libre si su freeprobe está unido a la proteína entonces usted detectará una proteína o en el mayor tamaño de la molécula de peso molecular, entonces usted puede decir que su proteína es básicamente vinculante para el elemento cis. Para confirmarlo, usted puede mutar su sitio de enlace putativo sitio de enlace y mostrar que cuando usted está mutando esto la unión está totalmente desapareciendo como usted puede ver aquí no hay ningún enlace, buahí hay encuadernación. Entonces el ensayo de ChIP como digo esto es muy importante. Por lo tanto, las precipitaciones inmunológicas de cromatina que esto puede hacer en el nivel del gen, usted puede hacer a nivel global de la manera que usted quiere. Aquí lo que usted quiere básicamente tiene un putativo sitios de enlace. Por lo tanto, lo que haces, permites que tu proteinto se vincule a la cromatina si tienes un factor de transcripción que irá y se une a su objetivo si lo arreglas puedes cruzarlo. Por lo tanto, su proteína será permanentemente o covalently unida al ADN y luego usted extrae la cromatina total, hace un pequeño fragmento y usa el anticuerpocontra ya sea su proteína directamente o si usted tiene alguna etiqueta asociada con su proteinand tire hacia abajo de esa región de la cromatina o de esos fragmentos de cromatinas que se unen con su proteína y luego tratar con proteinasa. Por lo tanto, usted eliminará su proteína ahora sólo hay fragmento de ADN. Así que, o se toma ese fragmento de ADN andif se sabe cuál es el sitio de enlace putativo se puede diseñar un cebador específico y se puede amplificar a través de PCR, qRT PCR o qPCR o si no se conoce la secuencia se toma el clon de thosefragments en algunos vectores secuenciarlos e identificar cuáles son los sitios de encuadernación. Por lo tanto, estos son algunos ejemplos, por ejemplo, si se ven estos son los sitios de enlace putativo de AGL24 que es el factor de transcripción de dominio MADS y esto se etiqueta con el código HA tag6HA. Por lo tanto, si lo que puedes hacer, puedes basarte en la inmunoprecipitacion de cromatina usando anticuerpos contra la HA, encontraras el fragmento y quieres ver si AGL24 es vinculante para el promotor SOC1 o no estos son los sitios de enlace putativo para el AGL24 en el promotor SOC1. Y, entonces usted revisa la PCR de byRT o por PCR simple PCR de ADN genómico para la región diferente y lo que usted puede ver que, esta región está mostrando el máximo de enriquecimiento, lo que significa que esta región está recibiendo enrichedcuando usted está haciendo la cromatina inmunopalpitación para 24, lo que significa que la unión es muy alta en esta región aquí esto es bajo aquí esto es bajo. Pero si usted mira esta región la unión es muy baja. Un tipo de estudio similar se ha visto aquí, donde se ha estudiado un objetivo o objetivos directos de MADS1 otro factor de transcripción en el riceis. Y aquí se puede ver, este análisis se ha hecho para mostrar que MADS1está directamente asociado con la cromatina de todos estos objetivos directos este es el camino para estudiar la interacción proteína-proteína o la interacción del ADN-proteína y esto es muy importante para entender básicamente cuál es el mecanismo de un factor de transcripción. Entonces usted se moverá más para entender las interacciones regulatorias entre los reguladorarena allí las vías que están siendo reguladas por los reguladores del desarrollo. Una forma de doinges que el metaanálisis usted puede hacer el análisis de la co-expresión y hay todos estos datos que ya están publicados o sometidos a la base de datos toda esta base de datos puede ser retrievada y mucho análisis de la expresión y, en realidad hay mucha base de datos ha sido generatedadónde usted puede poner el id de su gen, usted puede encontrar cuáles son los genes que areco-expresó con ese gen. Si se expresan conjuntamente con ese gen, es posible que esperéis que estéis allí deben haber alguna interacción que puedan tener algunas interacciones entre sí y este tipo de estudio se ha utilizado para identificar. Por ejemplo, si busca aquí un enfoque global de la red de expresión co para conectar genes a la vía metabólica especializada en la vía. Por lo tanto, si usted combina datos si usted mira la expresión theco entonces usted puede básicamente identificar aquellos genes que podrían ser responsables o que podrían estar funcionando en una vía de desarrollo similar o similar o similar vía de metabolismo.Entonces otra cosa muy importante en particular con el factor de transcripción es, si usted quiere clavar que cuál es el mecanismo de cómo un factor de transcripción en particular está regulatinga una vía de desarrollo particular, usted tiene que identificar cuáles son los genes que son regulatedby este factor de transcripción. Y esto lo puedes hacer de nuevo como un nivel de gen o puedes hacerlo a nivel global. Para identificar este tipo de genes, se pueden utilizar las técnicas globales como la secuenciación de ARN de microarray, si se cuantifica la expresión total de la expresión genesor global de los genes en el tipo silvestre y el mutante de un factor de transcripción en particular, se puede identificar cuáles son los genes cuyas etiquetas de expresión se alteran en los mismos y luego se puede establecer que se están regulando básicamente. Y entonces este tipo de estudio se ha tomado muy recientemente para identificar los genes globales regulados por los genes de PLÉTORA. Así que, como dije hay múltiples PLÉTORA 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 y luego lo que se ha hecho. Por lo tanto, los genes de PLÉTORA se fusionaron con el glucocorticoidreceptor. Si usted recuerda una de la conferencia anterior he discutido lo que es glucocorticoide, de esta manera usted puede controlar la actividad de su factor de transcripción regulatingsu translocación de citoplásmica a núcleo y luego cuando usted induce y después de la inducción, usted puede realizar microarray e identificar cuáles son los genes que están siendo inducidos o los genes que están siendo reprimidos. Por lo tanto, al hacer esto, básicamente han identificado los genes que son compartidos por dos PLÉTORA tres PLÉTORA cuatro PLÉTORA cinco PLETHORAy todos los seis PLÉTORA y también han identificado cuáles son los genes que son específicamente regulados o exclusivamente regulados por cualquiera de la PLÉTORA ya sea activada o reprimida. Pero, a través de este análisis a través de este análisis global para todos estos había una muy interestofosgation aquí que todos los genes activados si usted mira aquí. Así, se expresan en los genes meristemáticos. Por lo tanto, lo que significa que en los meristematicgenes o en los dominios de meristem, los genes se activan principalmente mientras que, los repressedenes se expresan principalmente en el dominio de alargamiento. Por lo tanto, al hacer este tipo de análisis de la red de expresiono genética se puede predecir la regulación genética. Similar tipo de cosas se ha hecho aquí, donde la arquitectura de las redes de regulación de genes que controlan el desarrollo de las flores en Arabidopsis thaliana. Así que, como dije, el flujo comienza desde la transición de la fase vegetativa a la fase reproductiva y luego se ha producido esta transición, la primoridia floral bajo son el meristema floral se somete a la etapa de desarrollo diferente y los objetivos de diferentes etapas de desarrollo o factores de transcripción en diferentes etapas de desarrollo ya han sido identificados en diferentes estudios.Y, entonces si usted puede tomar todos estos datos y si usted puede hacer el análisis de la co-expresión, básicamente usted puede establecer una relación de regulación entre los reguladores y usted puede identificar los genes que son los genes que son regularizados específicamente por un regulador en particular. Por lo tanto, esto será probablemente el último de la diapositiva de hoy. Por lo tanto, aquí lo que estoy tratando de decirle que si quieres identificar, cuál es el objetivo directo de un factor de transcripción, esta podría ser una muy buena estrategia que se ha utilizado con mucho éxito con un factor de transcripción que es MADS1. Por lo tanto, si usted recuerda mi clase anterior, ya he dicho que MADS1 es un regulador muy importante del desarrollo de órganos florales o desarrollo de floridos en el arroz y si mutan MADS1 básicamente, usted no tendrá un desarrollo correcto y estas plantas son estériles.